Geboren in Südkorea studierte Ji-Eun Lee an der »Seoul National University«. Ihr Studium vervollständigte sie ab 2002 an der Hochschule für Musik und Theater Hannover in der Klasse von Andrea Lieberknecht. Nach dem Diplom setzt sie dort ihre Studien in der Konzertexamen-Soloklasse fort. Zahlreiche Meisterkurse besuchte sie unter anderem bei Alain Marion, Peter-Lukas Graf, Pierre-Yves Artaud, Wolfgang Schulz, Maxence Larrieu, Paul Meisen, Felix Renggli und Stéphane Réty.

Schon während ihrer Studienzeit war Ji-Eun Lee als Soloflötistin tätig beim »Aspen Musikfestival«, USA (1995), im »Seoul Youth Orchestra« (in den Jahren 1999 bis 2002) und beim »Pacific Musikfestival« in Sapporo, Japan (2002). Auch hatte sie bereits währenddessen jahrelange Engagements bei der Nordwestdeutschen Philharmonie Herford (2006 – 2007) und beim Philharmonischen Orchester Hagen (2008 – 2012) inne. Außerdem spielte Ji-Eun Lee in vielen Orchestern als Aushilfe, unter anderem an der Staatsoper Hannover, der Dresdner Philharmonie, dem Limburgs Symphonie Orkest (Maastricht), dem Qatar Philharmonic Orchestra, dem WDR Sinfonieorchester u.v.m.

Aus zahlreichen Wettbewerben ist Ji-Eun Lee als Preisträgerin hervorgegangen. Neben einer Vielzahl an Auszeichnungen in Korea erhielt sie 2007 den dritten Preis beim 12. Internationalen Flötenwettbewerb in Timisoara (Rumänien) und im Jahr 2009 den dritten Preis beim Internationalen Flötenwettbewerb »Domenico Cimarosa« (Italien). Zudem trat sie mehrfach mit verschiedenen Orchestern als Solistin auf.

Seit 2012 ist Ji-Eun Lee Mitglied der Philharmonie Südwestfalen in der Position der Solo-Flötistin. Kammermusik macht Ji-Eun Lee regelmäßig zusammen mit verschiedenen Musikern und ist zudem ständiges Mitglied des »Ravel Ensemble«.